Fasilitas yang digunakan oleh mahasiswa S2 biomedis FK Unsoed memiliki kualitas yang baik dan jumlah yang lengkap. Adapun jenis fasilitas yang tersedia adalah :
- ruang kelas dan ruang diskusi mahasiswa yang nyaman dilengkapi dengan AC yang dapat menampung mahasiswa S2 sampai 30 orang.
- ruang perpustakaan yang berisi buku-buku terbaru dan terhubung secara online untuk mengakses perpustakaan digital.
- ruang laboratorium komputer dengan dukungan internet dan teknisi IT.
- laboratorium riset (riset.fk.unsoed.ac.id) dengan layanan handal dan fasilitas terbaru.